牛津大学共有38个学院和6个永久性私人学堂，所有的学院和私人学堂都是相对独立的，且有自己的内部建筑和设施。所有的在牛津大学就读的本地学生和许多老师都是学院或者私人学堂的成员。由于相对独立，各学院联合组成学员会来讨论政策和处理大学公共事务，恰如美国的联邦制一样。
牛津大学的本科教学多采用导师制。一般情况下，教授和4名学生一起花一个小时讨论一周的工作，比如：论文（常见于人文、大多数社会科学专业、一部分物理、数学和生命科学专业）、问题单Problem Sheet（大多数数学、物理、生命科学和一部分社会科学采用）。一般情况下，学生的这种导师课每周1-2次，还可以由其他学院其它专业的老师来教授，因为他们学习的目的不仅仅是获得技能、找到工作。除了导师制之外，学生还会参加院系级别的大班课、小班课和研讨会等。牛津大学校方负责开展考试和授予学位。学生要通过两套考试才能得到自己的第一学位。第一套考试叫做Honour Moderations，在学生完成第一年的学习之后举行，一般情况下指学法律、神学、心理学、实验心理学、生理学等专业的学生完成两个term的学习，或者学古典学的完成5个term的学习开始考试。第二套考试叫做Final Honour School，在本科课程学完之后开始进行。值得注意的是，牛津大学的所有研究生级别的科目都授予除授课型学位之外的研究型学位。