日本别科是指设立在大学内的特别学习科，可以理解为大学内的专门针对外国人的日本语学习科。进入别科的学生和日本学生一起在大学校园内共同学习、生活，可以更深入的了解日本文化。目前在日本别科共有48所(为比较新的统计，有些陈旧统计为60所)，全部设立在私立大学之中。
日本语言学校是学习日本语的独立教育机构。日本语言学校分阶段教授学生日本语，同时进行系统的升学指导。日本语言学校在日本共有445所。
日本别科学校与日本语言学校的优、劣势比较
(一)日本别科学校优势
共享大学设施
留学生别科设立在大学校园内，留学生可以和日本学生在一起学习生活，可以更深入的了解日本文化。同时可以享受大学校园中的完善的教育设施，比如图书馆，体育馆，食堂，宿舍(通常抽签决定)等等。
毕业后优先升入本大学学部、大学院
日本别科学校的学生熟悉校园环境，同时也有更多的机会接触本学校的其他学部、研究科的老师。如果在老师的准许下，别科期间也可以旁听一些学部或者大学院的课程，这些都提供了良好的条件，有利于学生在别科毕业后优先升学进入本学校的学部或者是大学院。甚至一些学校，在别科生升入本校学部或者大学院时，减免学生的报名费和入学金。
（二）日本别科学校劣势
一年的签证
虽然日本别科学校也是留学签证，但是只有一年课程(语言学校通常为两年)。也就是说，如果学生没有日本语基础，一年内又无法达到日本语二级以上水平，很难升学，将面临很尴尬的归国问题。有些地方承诺，别科毕业后都可以升入本学校，纯属虚构。升学还是要有基础日本语水平的，通常学部需要日本语能力二级水平，大学院需要一级水平，而不是进了别科就进了保险箱。所以没有一定的日本语基础，不要选择别科。
日本别科学校只有私立大学开设
日本别科学校只有私立大学开设，国公立大学没有。私立大学的学历虽然在国际上和在中国均被承认，但是学费昂贵，学历含金量、国际排名往往与国公立大学无法媲美。所以学习成绩优异的学生，一般不建议进入私立大学别科。
没有系统的升学指导课程
大部分日本别科学校没有升学指导课程。按照学部编入，大学院的考试目的分班，进行有针对性的升学指导的别科只有樱美林大学，其他别科均为单纯的日本语学习课程，没有系统的升学指导课程安排。
（三）语言学校的优势
阶段性的日本语教学
语言学校的招生标准比较低，通常有200学时的学习程度就可以进入。语言学校学习期间通常三个月进行一次考核分班，分班后学生可以阶段性的扎实的学习日本语。同时，学校有专门针对于日本语能力考试、留学生试验考试等等有针对性的考试辅导课程。
系统的升学指导
语言学校的升学指导是非常系统、完善的。比如富士国际语学院会聘用日本知名教师(文化辅导课教师)为学生辅导文化课。
针对于申请学部的学生，通常升学指导如下述步骤：与学生沟通确认申请学校，日本语能力考试、留学生试验考试备考辅导，针对于学校考试的个别考试辅导，辅导面试，辅导报考学校填写手续。
针对于申请研究生的学生，通常升学指导如下步骤：与学生沟通确认申请学校、研究科、以及教授，如何阅读专业书籍、如何写研究计划书，辅导面试，辅导学校申请手续。
周到的生活指导
语言学校的学生中有些学生只具备初级的日本语水平，所以学校给予学生的照顾无微不至。比如语言学校通常安排接机服务，学生到达日本后统一组织学生办理外国人登录证和手机，开设银行账户。有些学校还特别安排了懂得多国语言的生活老师帮助学生解决实际问题。虽然别科也设有外国人留学科，但是通常只是简单的提供一些住宿以及打工信息，并设有专人解决学生实际生活问题。
（四）语言学校的劣势
大部为外国留学生
语言学校主要是专门针对于外国留学生开设的学校，授课老师均为日本人，生活老师通常为各个国家的老师。但是学生大部分是百分之百的外国留学生，很少日本人。想接触纯粹的日本语，除了上课，只能通过社会实践来学习。
通常为半天授课制，需要学生一定的自我管理能力
大多数语言学校一年的课时大约为800学时，半天授课制。对于赴日的高中毕业生来说，要有一定的自我约束和管理能力。利用下午的时间，要合理安排好打工和学习，而不要因为无人约束，浪费太多的时间。
申请条件
(一)日本别科学校
1、普通高中、大专、大本毕业生或当年预定毕业者(早稻田，庆应义塾只招收本科以上毕业生);
2、提供200学时以上的日语学习经历，并且要有“日本语能力考试”3级以上合格证书;
3、家庭要有一定的经济能力(根据学校要求，有时需要提供日元的保证金，如：同志社大学别科);
(二)日本语言学校
1、高中以上学历者(含职高、技校、中专)或当年预定毕业生
2、提供200学时以上的日语学习经历，日语等级证书
3、家庭要有一定的经济能力(20万人民币存款证明)
4、学习目的明确
温馨提示
（一）以下学生建议申请别科
1.有明确的升学计划，且申请的大学有此专业。
例如学生A，本科211学校日本语专业毕业，日本语一级，想在早稻田继续学习日本语教育，推荐申请早稻田大学日本语别科。再比如学生B，日本语二级，传媒相关专业二本毕业，推荐申请同志社大学，以后在同志社大学继续学习传媒专业。
2.对学校档次没有要求，只要可以取得学历就可以的学生
别科相对于语言学校，升入本学校的几率多少大一些。尤其一些F等级的设有别科的私立大学，大部分学生可以直接升入学部。所以对于赴日后没有信心升学，对学校档次要求也不高的学生，可以考虑选择别科。
3.短期学习计划者
有些比如家属滞在的签证的学生，在日本的学习没有升学压力，想体验大学的学习气氛，了解日本文化生活，同时提高自己的日本语学习能力，建议申请别科。
(二）以下学生建议申请语言学校
1.有足够的能力考国公立大学的学生
很多学生日本语和英语条件都很好，可能暂时在专业知识方面有些欠缺。这样的学生推荐走语言学校，通过语言学校的升学指导，以国公立大学为目标。
2.没有明确升学目的的学生
语言学校是站在宏观的角度上帮助学生审视自己，确定发展方向。同时提供客观的大学信息与升学指导。有利于学生由不清晰尽快过渡到确认学习方向，从而更有针对性的学习。
3.没有日本语基础的学生
别科至少要求三级以上，但是语言学校是阶段性教学。所以没有日本语基础的学生，最好扎扎实实从基础开始学起，更有效的缩短学习时间，事半功倍的学习。
当然，别科和日本语学校的选择，还要根据学生很多细节的情况来分析。比如家庭经济情况，专业情况等等。