自从澳大利亚管理研究生院与新南威尔士大学在2006年合并后，商学院的独立性就一直是成为业内人士头疼的问题，是保持独立还是与其他综合大学合并？
三年后，墨尔本商学院（MBS）与麦考瑞管理研究生院（MGSM）都相继拒绝了类似的合并。 商学院目前拥有的品牌和名气是与它们的独立地位分不开的，而这些也得到了毕业生们的高度赞赏。正因为如此，商学院是没有必要冒险去合并。这也是为什么MGSM婉言拒绝了与其所属大学麦考瑞大学商谈多时的合并计划，MBS也有类似的经历。 Robert Widing、MGSM的院长说，MGSM保持独立性是非常重要的。
从历史上看，商学院一直都在从其所属的大学寻找独立性。他们认为，与大学注重奖学金的情况相比而言，商学院的独立性将使他们更加注重教学质量。同时，保持独立性也为吸引高质量的从业人员提供了灵活性。
Alec Cameron、澳洲商学院（ASB）的院长说，2006年的合并并没有让学院失去独立性。他说，“合并并没有改变我们的教学路线和治理安排。” 他也认为，合并其实是与时代俱进，为商业人士提供更宽泛的教育。
但是，一些人却认为，提供更广泛的科目是可以同其他大学的合作来完成的，这并不需要放弃被学生和毕业生认同的独立性。Widing教授说，“合作越多，其实自主权也越多。”
当然，也有一些人认为，独立性和合并都有好处。 前MGSM院长Roy Green认为，“我们需要不同的类型学校，独立的和合并的学院都有存在的必要性。”
