1. 生物电子工程(Bio-Electrical Engineering)
在这个二级分支下，康奈尔大学的EE系又分为了4个小分支。第1个分支是生物信号系统和应用(Bio Signal, Systems, and Applications)第2个小分支是，计算机辅助诊断(Computer Aided Diagnosis)，第3个分支是图像分析(Image Analysis) 这两个分支下边有着一个计算机视觉和图像分析实验室(Computer Vision and Image Analysis Group)，第4个分支是纳米生物应用(Nanobio Applications)，这四个分支组成了生物电子工程这个大分支。个人认为这个方向是一个非常有前途的方向。虽然康奈尔的这个方向不大，但个人认为在不久的将来，这个生物信息与信号结合的方向一定会应用到各种领域，成为一种比较尖端的技术，会随着社会的发展和需求飞速的火起来，所以不一定分支小就没有去的价值。
2. 计算机工程与数字系统(Computer Engineering and Digital Systems)
这个分支是康奈尔EE的一个大分支，在这个分支下，也有着4个小分支，分别是计算机体系结构Computer Architecture，软件和高性能计算Software and High-Performance Computing，视觉和图像处理Vision and Image Processing超大规模集成电路于系统Very-Large-Scale Integration (VLSI)Circuits and Systems。在其下一共有着5个相关的实验室，分别为Computer Systems Laboratory，Architecture Research Group，Fusion Research Group，Computer Vision and Image Analysis Group，Visual Communications Lab，Asynchronous VLSI and Architecture Research Group，Optoelectronic VLSI Laboratory不光有这些实验室，这个分支的师资力量也是非常雄厚的，许多学CE的申请者都是奔着这个分支而来，所以竞争相当激烈。
3. 固态装置，电子和光子学(Solid-State Devices, Electronics, and Photonics)
在康奈尔大学，这个光电子分支同样是EE下的一个大分支。同上边介绍的两个分支一样，这个分支同样也是分为了4个小分支，分别是微机电系统( MEMS )Micro-Electro-Mechanical Systems (MEMS)，光电和激光仪器Optoelectronics and Laser Devices，半导体物理与器件Semiconductor Physics and Devices，超大规模集成电路于系统Very-Large-Scale Integration (VLSI)Circuits and Systems。和上面介绍的两个方向有着公用的实验室和项目组。
4. 信息系统和网络(Information, Systems, and Networks)
这个分支是EE系里的一个亮点，虽然小分支不多，仅有3个，但是拥有着多达11个项目组，是EE系里拥有项目组最多的分支，同时也拥有着大量的教授，在EE系里占有者重大的比例。
5. 空间科学和等离子体物理(Space Science and Plasma Physics)
这个分支是康奈尔EE专业里最小的一个分支，仅仅由3个小的方向和5名教授组成，这三个小方向分别是大气科学Atmospheric Science，核聚变与等离子体物理Fusion and Plasma Physics，全球定位系统遥感GPS Remote Sensing。值得一提的是GPS Remote Sensing方向的实验室“Global Positioning System Laboratory (GPSL)”这个实验室是一个国际知名的实验室，能够准确的评估空间天启的影响和全球导航卫星系统信号的定位精准度。
在康奈尔，曾经出过许多EE大牛，但在招生方面，这个学校很怪异，非常重视学校的出身，在大陆基本上只有清华和北大的学生能够拿到OFFER，其他学校学生仅有可能拿到AD，并且要的人基本都是学校的NO.1。
