爱沙尼亚的高等教育在世界范围内颇有名声。该国是博洛尼亚进程(Bologna Process)的一位成员。该进程的目标是统一欧洲的高等教育(使其标准化)。爱沙尼亚大学文凭得到国际认可。目前，该国共有15所公立大学，9所私立大学。英语被广泛使用。该国的大部分院校都开设有许多英语授课课程。
在QS2017世界大学排名中，爱沙尼亚仅有两所进入排名，在2019版排名中增加到了三所。和留学群来了解。
| 2019爱沙尼亚大学排名* | ||
| 爱沙尼亚 | 大学名 | 世界排名 |
| 1 | 塔尔图大学 | 321 |
| 2 | 塔林理工大学 | 601-650 |
| 3 | 塔林大学 | 801-1000 |
| *基于QS2019世界大学排名 | ||
第一名：塔尔图大学
塔尔图大学在QS最新新兴欧洲与中亚地区排名表现瞩目，位列第5位。它成立于1632年，是该国最早创办的学府，也是北欧地区最早创办的大学之一。该校大约有一万三千四百名学生，其中国际生八千多名。
塔尔图大学是科英布拉集团和乌得勒支大学网络的参与者。后两者都致力于在高等教育界促成国际合作。此外，塔尔图大学也是伊拉斯莫斯世界计划(Erasmus Mundus)的成员之一。通过这个计划，塔尔图大学同世界二百多所大学建立合作关系。
该校有许多令它引以为荣的著名校友。这其中包括两位诺贝尔奖(医学奖、化学奖)得主。该校所在的塔尔图是爱沙尼亚的第二大城市。作为一个知识中心，它也是该国教育与研究部所在地。
第二名：塔林理工大学
塔林理工大学也出现在QS新兴欧洲与中亚地区大学排名中，排在第三十位。它成立于1918年，是爱沙尼亚仅有的理工类大学。旗下有八个学院，大约一万二千名学生。其中国际生约一千四百人。
塔林理工大学的学位覆盖工程、经济学、工商管理、社会科学、信息技术。由于格外重视创新，该校已经成为爱沙尼亚最受国际生欢迎的一所大学。目前，它的国际生来自六十多个国家和地区。
塔林理工大学位于该国首都，长期以来同企业界有合作，为学生提供良好的工作和实习机会。
第三名：塔林大学
塔林大学在QS新兴欧洲与中亚地区排名第87位。它是爱沙尼亚规模第三的大学。和塔林理工大学一样，该校也位于首都。
塔林大学课程内容丰富，长期以来开设有交换项目，有为国际生提供的支持。该校的优势主要在人文和社会科学，它在自然科学、精密科学领域的投入在持续增加，优势也日益明显。
在教师培训和教育研究方面，该校已有近百年历史。它的环境鼓励所有成员学习知识，实现个人成长。它的核心价值学术平等、团结互助、程序透明简化、开放、社会服务。塔林大学在QS2019世界排名801-1000位。
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