印第安纳大学微生物学与免疫学专业由医学院旗下的同名部门提供，授予理学硕士学位和博士学位。硕士专业的目标是将学生培养成有能力在时刻在变化的医疗保健行业从事高水平工作的研究型人才。
这个部门的课堂教学足以让学生快速掌握学科内的各种核心概念，同时让学生尽快地投入实验。通过每周一次的部门研讨会、研究进展会、专业读书会、科研会议及国内与地方会议，学生持续掌握微生物学与免疫学相关知识和成果。
这个专业通过各种论坛培养学生的沟通能力和教学能力，将学生培养成独立的富有创造力的调查人员。完成这个专业需要二年到三年时间。
1. 课程
攻读印第安纳大学医学院微生物学与免疫学理学硕士专业的学生必须完成必修课、选修课、轮流实验、论文研究，并参加研讨会。所有学生应参看研究生院布告栏，了解研究生院的一般要求以及微生物学与免疫学部门的具体要求。
必修从必修课中拿到十个学分。必须课包括一个学分的微生物学研究。这是一个为期四周的实验室研究。如果学生没有加入在轮流实验中的实验室，则必须从另外的实验室中找到老师作为自己的论文研究导师。如果第一学期结束的时候没有找到导师，将不得继续学习这个专业。
必须从以下课程中选择一门完成：
生物过程的生物化学基础(三个学分)、分子生物学与遗传学(三个学分)、系统生物学的分子基础(三个学分)。
必须从以下课程中拿到至少四个学分：
干细胞生物学(二个学分)、感染与发病机理的基本概念(一个学分)、免疫系统导论(一个学分)、癌症生物学相关概念(二个学分)、免疫学当前主题(二个学分)、微生物分子遗传学当前主题(二个学分)、肿瘤的决定因素(二个学分)。
此外，还需要学完成实验设计与生物统计学(一个学分)、研究伦理学(一个学分)。还可以从本部门或其他部门学习其他研究生课程，是否学习要视学生的兴趣和职业目标来决定。
2. 毕业要求
微生物学与免疫学理学硕士生必须至少在课堂教学中拿到十个学分，在论文中拿到十六个学分。总共至少拿到三十个学分。
绩点保持不低于3.0( B )。课堂教学最多有三个学分为C(2.0)。
每位学生必须参加科研实验，为理学硕士论文完成原始研究。必须在顾问委员会面前顺利完成答辩。从研究中拿到的学分其成绩由委员会决定。
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