根本的原因还是出在我国历来实行的城乡隔离的二元户籍制度。
1.我国实行城乡隔离的二元户籍制度主要是为了达到在低水平的经济发展条件下迅速推进工业化，使我国摆脱贫困、走向富强这样一个目的。
2.国家实行二元户籍制度“并不是有意通过城乡有别的社会保障政策来损害农民的利益，而是从实现工业化这个国家的整体利益出发，暂时牺牲农民的利益，待国家实现工业化以后再来解决农民的问题”。但是，在二元户籍制度实行的这么多年来，虽然促进和加速了国家工业化的进程，但同时也造成了我国城乡差距的越拉越大。
3.时至今日，该制度的这一负面效应是不容忽视的，二元户籍制就像一块烙铁分别给市民和农民烙上了表示其身份的印痕，使得农民进城后仍然无法摆脱自己是“农民”的身份。这是一种变相的社会身份等级制，凭借这种不同的身份，城市居民就能享受到进城务工的农民无法享受的各种福利待遇和保障措施。城乡隔离越隔越深，二元社会结构下，农民工的权益被远远的排除在了社会权益保障的范围之外，这是一种极不公平的现象，这与我国社会主义的国家性质是格格不入的，诚然，与我们当前构建社会主义和谐社会也是格格不入的。
对策：
从某种意义上来说，保护农民工的合法权益也就是是保护社会生产力。国家要发展，社会要进步，农民工合法权益的保护也就不能忽视。在依法治国的今天，以制度保障农民工的合法权益，对真正保障农民工合法权益起着关键的作用。
1.通过宪法实现农民工权益的统一保障。宪法是我国的根本大法，在法律体系中居于最高地位，其他法律、法规的制定和实施都应以宪法为最高准则，农民工权益保障制度的建立和完善同样要以宪法为根本准则。通过宪法赋予农民工与城市居民同等亨有尊严、自由、权利，保证农民工在城市的最低生活标准，保证农民工物质帮助权及其它各方面权利的实现。
2.完善和落实农民工的工伤保险制度。正为因农民工在城市所从事的工作具有脏、累、险的特点，工伤事故在农民工身上发生的频率也较高，而处于弱势地位的农民工在工伤事故面前更是孤立无援，因此，对工伤事故的事后救济就显得格外重要。我国已建立了相关的工伤保险制度，但仍需进一步加以完善，更需要真正的将其落到实处，杜绝“有法不依”现象的发生。
3.建立和完善农民工医疗保障制度。恶劣的生活环境和条件，导致患病成为农民工普遍而无法避免的难题。患病也是农民工最为害怕的一个问题，因为除了身体的痛苦外，患病还往往导致他们失去本来的工作，从而失去经济来源。在吃、穿、住、行都万般简陋的农民世界里，建立和完善医疗保障制度，对他们来说，无疑是一个福音。
4.在全国范围内建立统一的农民工养老保险制度。农民工长期在外从事脏、累、险的工作，积劳成疾，体弱多病，因此，养老保险对农民工而言是非常重要的。但流动性强是农民工工作的一个显著特点，这使得他们在年老退休时到何处去领养老保险金成了一个难题。在全国范围内建立统一的养老保险制度便于工作能较好的解决这一难题。这样的制度一改以往省级统筹的养老保险制度，在减少不同地区划转养老保险基金的管理成本的同时，也为建立全国统一的劳动力市场奠定了基础，排除农民工的后顾之忧，更好的为建设服务。
5.加强对农民工的技术培训和学习。在众人眼中，农民工是体力活的代名词，这是一种极不公平的看法，这种歧视性的旧观念是不能适应社会主义现代化建设的步伐的。农民工虽然来自农村，但在城市中，他们所从事的工作涉及各行各业，科技的进步同样要求农民工掌握各种劳动技能，这样才能更好的从事各方面的工作。因此，对于来自农村的农民工来说，加强对其技术培训和学习也是需之所在，这对农民工自身而言也是一种公平亨有权利的体现。
6.关心和帮助解决农民工子女享受学校教育的问题，也是有效保障农民工合法权益对策的重要组成部分。目前，进城务工人员的子女在少年儿童中占有的比例日渐增多，这部分小孩是否享受教育关系到其自身的发展，也关系到国家未来的繁荣。农民工的子女长大成人后不应该重演父辈“城市边缘人”这一角色，而应在祖国建设中发挥更大的作用。因此，应加大力度调整和改革对农民工子女的教育制度，消除歧视，允许其在公立学校上学，免除他们的“借读费”，实现在教育领域的真正公平。
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